فوکویاما در کنفرانسی در اورشلیم برگزار شد به ترسیم اندیشه سیاسی شیعه پرداخت.او در کنفرانس که بازشناسی هویت شیعه نام داشت می گوید:

«شیعه پرنده ای است که افق پروازش خیلی بالاتر تیرهای ماست،پرنده ای که دو بال دارد.یک بال سبز و یک بال سرخ»این مطالب را وی در  اوج پیروزی های ما در سال 1365 می گوید و ادامه می دهد:«بال سبز این پرنده همان مهدویت و عدالت خواهی است چون شیعه در انتظار عدالت به سر می برد،امیدوار است و انسان هم شکست ناپذیر است نمی توانید کسی را تسخیر کنید که مدعی است فردی خواهد آمد که در اوج ظلم و جور،دنیا را پر از عدل داد خواهد کرد».

براساس نظریه فوکویاما بال سبز شیعه همان فلسفه انتظار یا عدالت خواهی است.او می گوید:«بال سرخ شیعه،شهادت طلبی است که ریشه در کربلا دارد وشیعه را فنا ناپذیر کرده است»شیعه با این دو بال افق پروازش خیلی بالاست و تیرهای زهرآگین سیاسی،اقتصادی،اجتماعی،فرهنگی،اخلاقی و...به آن نمی رسد.آن نقطه که خیلی اهمیت دارد بُعد سوم شیعه است.می گوید:«این پرنده زرهی به نام ولایت پذیری بر تن دارد که آنها را شکست ناپذیر نموده است»در بین کلیه مذاهب اسلامی،شیعه تنها مذهبی است که نگاهش به ولایت،فقهی است؛یعنی فقیه می تواند ولایت داشته باشد.این نگاه،برتر از نخبگان افلاطون است.فوکویاما معتقد است:«ولایت پذیری شیعه که براساس صلاحیت هم شکل می گیرد،او را تهدید ناپذیر کرده است»در توضیح فناناپذیری شیعه می گوید:«شیعه با شهادت دو چندان می شود.شیعه عنصری است که هر چه او را از بین ببرند بیشتر می شود»و جنگ ایران و عراق را مثال می زند.سال 1364میگوید:«این ها فاو را تسخیر کردند می روند کربلا را هم بگیرند،اینجا(قدس)را هم قطعاً می گیرند»پیشنهاد می کند که با امتیاز دادن به ایران،جنگ را متوقف کنید.